Het LRCB werkt samen met partner-organisaties in binnen- en buitenland. De belangrijkste partner en opdrachtgever van het LRCB is het Rijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu (RIVM), als onderdeel van het RIVM vervult het Centrum voor Bevolkingsonderzoek een coördinerende rol voor alle screeningsactiviteiten in Nederland. De screeningsactiviteiten worden uitgevoerd door vijf regionale organisaties. De meest intensieve samenwerking is met de stichting Bevolkingsonderzoek Oost, mede omdat het LRCB in de betreffende regio is gehuisvest. Ook met de overige 4 organisaties van het bevolkingsonderzoek, Zuid, Zuid-West, Midden-West en Noord wordt intensief contact gehouden.
Wetenschappelijke verbanden zijn er met het UMC St. Radboud in Nijmegen, het Academisch Medisch Centrum in Amsterdam en het Leids Universitair Medisch Centrum in Leiden. Er zijn diverse beroepsverbanden voor radiologen (NVvR), laboranten (NVMBR) en fysici (NVKF), en is het LRCB betrokken bij de fabrikanten en ontwikkelaars van mammografieapparatuur. Er is een intensieve samenwerking met EUREF. Deze organisatie staat alle europese screeningsinitiatieven met raad en daad bij. De contacten reiken verder dan Europa. Sinds 2009 worden de screeningsgprogramma’s op Curaçao en in Barretos (Brazilië) door het LRCB ondersteund.